Фамилия Гнусаев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. По одной из версий, прозвище Гнусай образовано от глагола «гнусавить» - «говорить с неприятным носовым призвуком». Согласно другой гипотезе, в основе этого прозвища лежит польское слово gnus – «лентяй», либо gnusny – «ленивый, подлый». В этом случае прозвище Гнусай указывало на характер человека. Иван Иванович Гнус Долгорукий, середина XVI в.; кн. Иван Федорович Гнуса Ромодановский, первая половина XVI в. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гнусай, со временем получил фамилию Гнусаев. О точном месте и времени возникновения фамилии Гнусаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Гнусаев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.