Фамилия Гнусарева (и её вариант Гнусарёва) происходит от прозвища Гнусарь. Корень здесь — гнус-, который в русских говорах имеет два основных значения.

Первый и самый очевидный вариант: прозвище связано с глаголом «гнусавить» — говорить с неприятным носовым призвуком, в нос. Человек с такой речевой особенностью получал прозвище Гнусарь, а его дети и внуки со временем становились Гнусаревыми. Версия простая, бытовая и, скорее всего, самая распространённая.

Второй вариант уводит нас в польский язык. Слово gnus переводится как «лентяй», а gnusny — «ленивый, подлый». В этом случае прозвище Гнусарь могло характеризовать не манеру речи, а характер: ленивого или нечистого на руку человека. Иногда эту версию дополняют значением «живущий у болота» — от слова «гнус» (мошкара, комарьё), но тут связь менее прямая. Скорее всего, если предок и жил в болотистой местности, прозвище ему дали бы Гнусов или Гнусин, а не Гнусарь.

Сама модель фамилии — через суффикс -арь (Гнусарь) и далее через -ев/-ёв — указывает на то, что прозвище было мужским и закрепилось за главой семьи. Форма Гнусарева — это женский или притяжательный вариант («жена Гнусаря» или «из рода Гнусарей»), но в современном русском языке она чаще выступает как неизменяемая фамилия женщины.

Интересно, что фамилия эта не слишком частая, но и не уникальная. Её однокоренные «родственники» — Гнусин, Гнусов, Гнусарёв — разбросаны по разным областям, и встретить их можно не только в центральной России, но и на юге, где гнусавость в говоре отмечали особенно часто. Так что, скорее всего, первый вариант — про особенности речи — всё-таки правдоподобнее.