Фамилия Гнусарькова, при всей её внешней неблагозвучности, не имеет прямого отношения к «гнусу» в значении «мерзость» или «докучливый человек». В её основе лежит совсем другое слово, и разобраться помогает география и старые говоры. Основой послужило прозвище или мирское имя Гнусарь, а тот, в свою очередь, восходит к глаголу «гнусарить» — говорить в нос, гнусавить. В русских диалектах (особенно северных и сибирских) «гнусарем» называли человека с гнусавым голосом, а также того, кто постоянно хнычет или ноет. Это типичная для Древней Руси модель прозвища по физическому признаку — как Гугнивый, Шептун или Картавый.

Суффикс -к-ов указывает на двойную модель образования. Сначала от прозвища Гнусарь через суффикс -к-а образовалась форма Гнусарька — так в быту могли называть жену Гнусаря или его дочь (патроним на -ка в северных и центральных говорах был обычен: «Марья Гнусарька» — дочь или жена Гнусаря). Затем уже от этого женского имени с помощью притяжательного суффикса -ов возникла фамилия Гнусарьков, а женская форма — Гнусарькова. Таким образом, фамилия не сразу закрепилась за мужчиной-предком, а прошла стадию «женского» прозвища, что встречается реже, чем прямой патроним на -ов.

С точки зрения сословной принадлежности, Гнусарьковы — почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия. Она не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в древних боярских списках. Наиболее вероятный ареал бытования — северо-восток Европейской России (Вологодская, Архангельская, Вятская губернии) и Сибирь, куда переселенцы принесли северные говоры. В этих местах слово «гнусарь» было употребительно, и фамилия могла возникнуть независимо в нескольких очагах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Гнусарев, Гнусин, Гнусов — показывает, что все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Гнусарьков — самая редкая и «длинная» форма, что косвенно говорит о её более позднем закреплении (XVII–XVIII века) и узком локальном распространении. Никакой связи с «гнусным» характером предка нет: прозвище описывало тембр голоса, а не моральные качества.

В современном русском языке фамилия Гнусарькова сохраняет первоначальное ударение на втором слоге (ГнусАрЬкова), что соответствует ударению в исходном слове «гнусарь». Если искать носителей, стоит обратить внимание на Вологодскую область и Красноярский край — там эта фамилия встречается чаще, чем в среднем по России.