Фамилия Гнусова образована от прозвища Гнус. У этого прозвища есть как минимум два возможных объяснения, и оба по-своему интересны. Первая версия связывает его с глаголом «гнусить» — говорить в нос, гнусавить. В этом случае прозвище указывало на особенность речи: человек, которого так называли, вероятно, имел носовой оттенок голоса или невнятное произношение. Такие прозвища по физическим или речевым чертам были в ходу на Руси: они точно и метко характеризовали человека, а потом закреплялись за его семьёй.

Вторая версия отсылает к слову «гнус» — собирательному названию мелкой мошкары, комаров и слепней, особенно досаждающих людям и скоту в лесах и болотах Севера России и Сибири. Исходя из этого, Гнусом могли прозвать либо уроженца тех суровых северных краёв, где гнус — настоящее бедствие, либо человека, который своим поведением напоминал назойливую мошкару: неотступного, прилипчивого, настойчивого. Оба значения укладываются в логику народных прозвищ, где внешность, характер или место жительства становились основой для имени.

Исторические источники подтверждают, что прозвище Гнус бытовало в среде знати. В записях С. Б. Веселовского встречаются князь Иван Иванович Гнус Долгорукий (середина XVI века) и князь Иван Федорович Гнуса Ромодановский (первая половина XVI века). Это говорит о том, что прозвище не было крестьянским или простонародным — его носили даже представители высших слоёв, что добавляет фамилии Гнусова неожиданный социальный контекст.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Гнус добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Гнусов, то есть сын или потомок Гнуса). Женская форма Гнусова, соответственно, означает «дочь или жена Гнусова». Таким образом, фамилия сохранила память о конкретном человеке — вероятно, говорливом гнусавом мужчине или уроженце северных болотистых краёв, чья характерная черта или место обитания стали его вторым именем, а затем и родовым знаком для потомков.