Фамилия Гнусенко — яркий пример того, как прозвище, данное за характер или внешность, закрепилось в роду. В её основе лежит прилагательное «гнусный». В старину это слово имело более широкий и резкий смысл, чем сегодня: «гнусный» означало не просто «противный», а «отвратительный», «мерзкий», «скверный» или даже «низкий, подлый». Так могли назвать человека сварливого, злого, неприятного в общении, либо того, кто совершил какой-то осуждаемый поступок. Не стоит исключать и ироничного прозвища — в деревнях нередко давали «защитные» имена-антиподы, чтобы отвести беду, но в случае с «гнусным» это маловероятно: прозвище слишком негативное, чтобы быть оберегом.

Словообразовательная модель фамилии — типичная для украинской и южнорусской ономастики. Суффикс -енко означает «сын» или «потомок» (как у фамилий Шевченко, Коваленко). Таким образом, Гнусенко — это «сын Гнусного» или «потомок человека по прозвищу Гнусный». В русских говорах параллельно существовала и форма Гнусный, которая могла стать прозвищем напрямую, а на Украине её переоформили в патроним на -енко. Встречаются и родственные фамилии — Гнусов, Гнусарев, Гнусин — но Гнусенко выделяется именно своей «сыновьей» конструкцией, указывающей на происхождение от конкретного предка.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам бывшей Российской империи: современная Украина, Белгородская, Курская, Воронежская области России. Это зона активного бытования фамилий на -енко. В переписях XVII–XVIII веков могли фигурировать казаки или крестьяне с прозвищем Гнусный, чьи дети и внуки уже записывались как Гнусенко. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая — дворянские роды с таким окончанием встречаются, но редко и обычно имеют иную основу.

Отдельного внимания заслуживает возможная связь с диалектным словом «гнус» — так на севере и в Сибири называли мошкару, гнус. Но для фамилии Гнусенко эта версия маловероятна: прозвище от насекомого (Гнус) давало бы фамилию Гнусов или Гнусенко, но тогда ударение падало бы на первый слог (Гнусенко), а не на второй, как в реальном произношении. Ударение на «е» (Гнусенко) прямо указывает на прилагательное «гнусный». Споров среди этимологов почти нет — основа фамилии прозрачна, и альтернативные гипотезы не выдерживают критики.

Таким образом, предок носителя фамилии Гнусенко почти наверняка получил нелестное прозвище за свой нрав или поступок. Фамилия не скрывает тёмной краски, но в этом и её историческая честность: она — прямое свидетельство того, как в крестьянской среде метко и без прикрас нарекали человека, и это имя передавалось дальше, теряя первоначальную оценку и становясь просто родовым знаком.