Фамилия Гнусенков — яркий пример того, как русская фамилия может сохранить в себе не самое лестное, но очень точное прозвище. В её основе лежит прилагательное «гнусный». В современном языке у этого слова резко отрицательный оттенок, но в старину «гнусным» называли не столько подлого человека, сколько того, кто вызывает физическое отвращение: брезгливого, привередливого, либо, наоборот, неряшливого и неопрятного. Также «гнусный» могло означать «докучливый, надоедливый» — отсюда и связь с гнусом (комарами, мошкарой). Таким образом, прозвище Гнусенок (или Гнусенко) давали человеку с трудным характером или небрежным внешним видом.

Словообразовательная модель здесь необычна и заслуживает внимания. Фамилия образована не через стандартный суффикс -ов/-ев, а через суффикс -енк(ов). Это характерно для украинской и южнорусской традиции: сначала от прозвища Гнусный образовали патроним Гнусенко («сын Гнусного»), а затем, при адаптации на великорусской почве, добавили фамильный суффикс -ов, получив Гнусенков. Такая двойная суффиксация — верный признак того, что предки носителя фамилии могли прийти в центральные или северные губернии России из украинских или южнорусских земель.

Географически фамилия редкая и не образует крупных гнёзд. Встречается она преимущественно в центральных областях России, особенно в Тверской и Московской, что подтверждает версию миграции: носители «южного» окончания оседали на севере, где их фамилию «обкатывали» под местный говор. Также существует вероятность, что в некоторых говорах слово «гнусный» имело иное, утраченное значение, например, «скорбный, болезненный» (от «гнусити» — гнушаться, но с оттенком слабости), что даёт ещё один вариант трактовки прозвища.

Сравните с однокоренными фамилиями: Гнусин, Гнусов, Гнусенко. Гнусенков стоит особняком именно из-за суффикса -енков, который делает её похожей на «полуфабрикат»: сначала отчество на -енко, потом русификация. Это не фамилия дворянская или купеческая — скорее крестьянская или мещанская, где прозвище закреплялось за родом без прикрас. Носителю фамилии стоит помнить: её основа не оскорбительна, а описательна, и в ней нет ничего, кроме честной бытовой характеристики далёкого предка.