Фамилия Гнускин — это типичная русская «патронимическая» фамилия, то есть образованная от личного прозвища через притяжательный суффикс -ин. В основе лежит прозвище Гнуска. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гнускин, то есть сын или потомок Гнуски. Модель образования простая и распространённая, но само прозвище неоднозначно.

Первая и наиболее прямая версия связывает прозвище Гнуска с глаголом «гнусить» — говорить в нос, невнятно. В этом случае фамилия указывает на характерную особенность речи предка: он мог быть гнусавым. Такие прозвища по физическим или речевым дефектам давали часто и без злого умысла — просто как отличительный признак.

Вторая версия отсылает к слову «гнус» — собирательному названию для мелкой кровососущей мошкары, комаров и слепней, особенно досаждающих в тайге и тундре. Прозвище Гнуска могли дать либо уроженцу северных болотистых мест, где гнус — настоящее бедствие, либо человеку надоедливому, назойливому, «липнущему» как мошкара. Обе версии имеют право на существование, но первая (от «гнусить») встречается в ономастической литературе чаще, так как прямо объясняет суффикс -к- в прозвище (Гнуска — тот, кто гнусит).

В исторических документах встречаются родственные именования. С. Б. Веселовский в своем труде «Ономастикон» упоминает князя Ивана Ивановича Гнуса Долгорукого (середина XVI века) и князя Ивана Федоровича Гнусу Ромодановского (первая половина XVI века). Наличие прозвища Гнус в среде знати XVI века показывает, что подобные именования не были уделом только низших сословий. Прозвище Гнуска — уменьшительная или ласкательная форма от той же основы, и она точно так же могла закрепиться за человеком, а затем перейти в фамилию.

Таким образом, фамилия Гнускин — это отчество от прозвища, которое, скорее всего, описывало манеру речи (гнусавость) или, реже, характер (назойливость) либо место жительства предка.