Фамилия Гнускин образована от прозвища Гнуска. По одной из версий, оно ведет свое начало от глагола «гнусить» - «говорить в нос». Вероятно, прозвище Гнуска содержало указание на особенности речи основателя фамилии. Согласно другой гипотезе, данное прозвище восходит к нарицательному «гнус» - «мелкие мошки, мошкара, бич для человека и животных в лесах и болотах Севера России и Сибири». Исходя из этого, можно предположить, что Гнуской прозвали либо жителя северных территорий, либо неотступного, настойчивого (как мошкара) человека. Веселовского записаны люди с однокоренными именованиями: князь Иван Иванович Гнус Долгорукий (середина XVI века), а также князь Иван Федорович Гнуса Ромодановский (первая половина XVI века). Так и прозвище Гнуска закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Гнускин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гнуска, со временем получил фамилию Гнускин.