Фамилия Гныдюк — характерный пример украинской модели образования фамилий, где суффикс -юк указывает на «малого» или «потомка». В данном случае это буквально «сын Гныдя» или «маленький Гныдь». Основа же фамилии восходит к украинскому прилагательному «гнiдий» — «гнедой». Так описывают темно-рыжий, медно-красный окрас лошади, но в прозвищах это слово закреплялось за людьми с необычайно насыщенным рыжим цветом волос. Скорее всего, первый носитель фамилии выделялся именно такой внешностью.

Есть и другая, более бытовая версия: Гныдюком могли прозвать человека, в хозяйстве которого были только лошади гнедой масти. В крестьянской среде, где лошадь — главная ценность, такая примета легко становилась семейным прозвищем. Менее вероятно, хотя и не исключено, что в основе лежит польское слово gnida — «гнида». Эта версия слабее, потому что для украинской ономастики характерен переход именно «гнiдий», а суффикс -юк типичен для западноукраинских и подольских говоров, где польское влияние было сильным, но в данном случае семантика «насекомого» менее убедительна, чем указание на внешность или хозяйство.

Фамилия Гныдюк редкая и локальная. Её стоит искать в первую очередь в западных областях Украины — на Волыни, Подолье, в Галиции, где суффикс -юк — один из самых распространённых патронимических показателей. В России фамилия встречается единично, чаще всего как следствие миграций XX века.