Фамилия Гобалько звучит необычно для русского уха, и это сразу подсказывает её происхождение: перед нами типичная украинская или белорусская фамилия, образованная с помощью суффикса -ко. В восточнославянской ономастике этот суффикс (уменьшительно-ласкательный или просто патронимический) массово присоединяли к прозвищам, именам или названиям профессий, создавая фамилии вроде Шевченко, Коваленко, Бондаренко. Гобалько стоит в том же ряду.

Основа фамилии — «Гобаль» или «Гобал». Скорее всего, это прозвище, которое дали человеку за какую-то характерную черту. Самое прямое объяснение лежит в диалектных словах. В украинских и белорусских говорах «гобаль» или «гобел» могло означать нечто горбатое, выпуклое, сутулое. Сравните с польским «garb» (горб) или украинским «горбаль» — тот же корень, но с чередованием согласных. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище Гобаль за сутулость или физический изъян — горб. Такие прозвища были распространены: Горбун, Горбач, Сутула, и Гобаль — их диалектный вариант.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «гобаль» могли называть неуклюжего, неловкого человека, «гобзать» означало делать что-то кое-как, наспех. Прозвище могло закрепиться за нерасторопным или неряшливым работником. Третья, совсем редкая гипотеза — связь с личным именем Гоб, которое встречается в западных областях как краткая форма от Гоберт или Гобин (заимствованные имена германского происхождения, вроде Gottbert), но это маловероятно для крестьянской среды, где фамилия зародилась.

Географически фамилия тяготеет к западу Украины и югу Беларуси, особенно к Волынской, Ровенской, Львовской областям. Встречается она и в Польше (в форме Gobal, Gobalek), что подтверждает западное происхождение корня. В России фамилия редкая, встречается в основном среди потомков переселенцев с Украины.

Сословно, носители фамилии Гобалько почти наверняка были крестьянами или казаками. Суффикс -ко в украинской традиции часто указывал на сына или потомка: Гобалько — «сын Гобаля». Фамилия не дворянская, не книжная, а народная, прозвищная. В документах XIX века она могла писаться как Гобалько, Гобалко или даже Габалько (под влиянием аканья). Современное написание закрепилось в советское время при паспортизации.