Фамилия Годаине — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — это финаль «-не», которая совершенно нетипична для русских фамилий. В русском языке нет модели образования фамилий на «-не» (есть только на «-ин», «-ов», «-ский» и т.д.). Это почти наверняка указывает на иноязычное происхождение, скорее всего, западноевропейское.

Самый вероятный источник — французский язык. Во Франции фамилия Godain (Годен) или Godaine существует и происходит от старофранцузского слова «godin» — «маленький», «юный», «милый». Суффикс «-е» на конце может указывать на женский род исходного прозвища или на форму, закрепившуюся в русском языке при передаче через польское или немецкое посредничество. Если предок был французом, эмигрировавшим в Российскую империю (например, в XVIII–XIX веках среди гувернёров, офицеров или мастеровых), его фамилию могли записать на слух как «Годаине», адаптировав к русскому произношению.

Вторая, менее вероятная версия — литовские или латышские корни. В балтийских языках есть фамилии с окончанием «-айне» (например, Годайнис). Если носитель фамилии происходит из западных губерний (Виленская, Ковенская), фамилия могла быть русифицирована: литовское «Godainis» превратилось в «Годаине». В этом случае основа «god-» может быть связана с литовским «goda» — «честь», «уважение», и фамилия означала бы «почтенный», «достойный».

С точки зрения русского словообразования фамилия неразложима: в ней нет ни суффикса принадлежности, ни отчества. Это говорит о том, что она не возникла в крестьянской среде центральной России, а была принесена извне или зафиксирована в документах как готовая форма. Скорее всего, предок Годаине был либо иностранцем на русской службе, либо жителем западных окраин империи с необычным для великорусского уха прозвищем. Окончание «-е» в русском языке часто воспринималось как признак среднего рода или несклоняемой формы, поэтому фамилия могла не склоняться в быту, хотя по правилам сейчас её склоняют как прилагательное (Годаине, Годаине, Годаине).