Фамилия Годомские — это типичный пример так называемых топонимических фамилий, то есть таких, которые образованы от названия местности, откуда был родом их первый носитель. Скорее всего, это фонетический вариант более распространенной фамилии Гадомские. Чередование «а/о» в корне (Гадомский → Годомский) возникло под влиянием «акающих» говоров, где безударное «о» произносится как «а», и наоборот — при записи фамилии могли закрепить «о» там, где его не было в оригинале.

Основа фамилии — топоним Гадомец или Гадомцы. Несколько сел с такими названиями есть на Украине и в Польше: Большие и Малые Гадомцы в Житомирской области, а также Гадомец-Хшчаны, Гадомец-Милочента и другие в Польше. Предок Годомских, вероятно, был выходцем из одного из этих населенных пунктов.

В истории известен дворянский род Гадомских, происходивший из польской шляхты. Этот род рано разделился на несколько ветвей. Первая ведет начало от Матвея Ивановича Гадомского, упомянутого в 1599 году из Гадомец Вырецкого, и записана в VI часть родословных книг Волынской и Подольской губерний. Вторая — от Ивана Петровича Гадомского (I часть книг Виленской и Гродненской губерний). Третья — от Казимира Гадомского, помещика Брацлавского воеводства (I часть книг Волынской губернии). Четвертая — от Леонарда и Цезария Михайловичей Гадомских (I часть книг Херсонской губернии), их предки владели имениями в Царстве Польском с 1737 года. Пятой ветви, происходящей от Ивана Мартиновича Гадомского, в дворянстве отказали за недостаточностью доказательств. Известен также Станислав-Костка Гадомский, бывший при Станиславе-Августе Понятовском посланником в Пруссии, членом государственного совета и воеводой.

Суффикс -ский указывает на принадлежность к местности или роду, что типично для польской и западнорусской шляхетской традиции. Таким образом, носители фамилии Годомские с высокой вероятностью имеют корни в среде польской или украинской шляхты, а их фамилия — это адаптированный в русском произношении вариант фамилии Гадомские, закрепившийся в документах.