Фамилия Годоноагэ — один из тех редких случаев, когда структура слова почти полностью выдаёт её происхождение. Конечное -агэ указывает на японское происхождение: в русской транскрипции так часто передают окончание -аге (или -агэ), характерное для японских фамилий и топонимов. В японском языке это может быть частью сложного слова, означающего «верх», «над», «поднимать» или «устье реки». Таким образом, перед нами не славянская и не европейская, а именно японская фамилия, записанная кириллицей.

Основа «Годоно» — наиболее вероятно, что это два иероглифа: «го» (пять, или же фамильный компонент) и «доно» (господин, владыка, или же зал, помещение). В японской ономастике сочетание «Годо» встречается как самостоятельная фамилия (например, Годо — распространённая фамилия, означающая «пять путей» или «пять залов»). Прибавление суффикса -агэ могло означать «верхний Годо» или «Годо на возвышенности» — типичная для Японии модель образования фамилий по месту жительства (например, у подножия холма или у реки).

Вероятнее всего, предки носителя этой фамилии жили в Японии, и их род был связан с конкретной местностью — деревней или усадьбой, называвшейся Годоноагэ. В период Эдо (1603–1868) такие фамилии часто закреплялись за самураями или крестьянами, жившими в поместьях с таким названием. Поскольку фамилия редкая и не входит в сотню самых распространённых японских, она могла принадлежать локальному роду, не получившему широкой известности за пределами своего региона.

В русском языке фамилия Годоноагэ практически не встречается — это либо результат иммиграции, либо фиксация через брак или смену гражданства. Поскольку в японской традиции фамилии передаются по мужской линии без изменений, а в русском контексте они склоняются только в мужском роде (Годоноагэ, Годоноагэ, о Годоноагэ), то носительница женского пола может оставить фамилию неизменной.

Если рассматривать возможные параллели, однокоренные японские фамилии — Годо, Года, Гото — имеют схожую начальную часть «го», но различаются вторым иероглифом. Годоноагэ стоит особняком: сочетание «доно» с «агэ» встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска. Для точного определения иероглифического написания необходима консультация с носителем японского языка или обращение к записям семейного реестра (косэки), если они сохранились.