Фамилия Годонюк — яркий пример украинской модели фамилий на -юк. Этот суффикс в украинской ономастике выполняет роль уменьшительности и одновременно указывает на родство: он часто присоединялся к имени или прозвищу отца, означая «сын такого-то» или «маленький, младший». В случае с Годонюком основа — «Годон». Это либо самостоятельное прозвище, либо производная форма от крестильного имени.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с именем Годон — народной формой канонического имени Гавриил. В украинской традиции имя Гавриил давало целое гнездо производных: Гаврило, Гавриш, Гаврон, а затем и Годон (через чередование «в» и «г» в диалектах, или через упрощение «Гавдон» → «Годон»). Если это так, то Годонюк — «сын Годона», то есть потомок человека, которого в быту звали сокращённо Годон (как вариант от Гавриила). Реже, но возможно, что в основе лежит прозвище Годон от глагола «годити» — угождать, быть годным, пригодным. В этом случае прозвище мог получить человек покладистый, уживчивый или, наоборот, тот, кто «годится» для какой-то работы.

Географически фамилия Годонюк привязана к западноукраинским землям, особенно к Волыни, Ровенской и Хмельницкой областям. Там суффикс -юк распространён массово, и фамилии такого типа фиксируют патронимическую традицию, когда дети наследовали прозвание отца без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). В отличие от русских фамилий на -ов, которые часто закрепляли за крестьянами помещики или переписчики, украинские фамилии на -юк дольше сохраняли связь с живым прозвищем и часто возникали стихийно, в среде сельских общин.

Среди однокоренных фамилий — Годон, Годонов, Годоненко, Годончук. Все они, скорее всего, восходят к одному корню, но разные суффиксы указывают на разные регионы и эпохи образования. Годонюк — самый «украинский» вариант по форме. Сословной принадлежности предков по фамилии не определить: такие патронимы носили и крестьяне, и казаки, и мещане. Социальный статус закрепился позже, уже в XIX веке, когда фамилия перестала быть просто отчеством и стала наследственной.