Фамилия Годенюк — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -юк. В украинской ономастике суффикс -юк (а также -чук, -енко) означает «сын» или «потомок»: Годенюк — это «сын Годеня» или «потомок Годеня». Такая модель особенно распространена на западе Украины, в Волынской, Ровенской, Житомирской областях, а также в Беларуси, где фамилии на -юк встречаются в южных и западных районах.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Годень. Оно, в свою очередь, восходит к древнерусскому имени Год, Годята или Годимир. В древнерусской антропонимии имя Год встречается в новгородских берестяных грамотах и актах XIV–XV веков: так звали человека, родившегося в «годный», то есть благоприятный, удачный период. Есть и другая версия: Годенем могли прозвать человека, который пришёлся «ко времени», был угодным или уместным. В говорах слово «годный» означало «пригодный, хороший, способный», откуда и прозвище Годень — «удачный, ловкий, угодный».

Написание фамилии устойчиво: Годенюк, а не Годенюк или Годеник. В русской среде фамилию иногда записывали на слух как Годенюк, но корень оставался тем же. Редкий, но встречающийся вариант — Годенюков, который возник при русификации окончания.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Годенюками могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. В реестрах Войска Запорожского XVII века встречаются прозвища с корнем Год-, что подтверждает давнюю традицию бытования этого имени на украинских землях. Сегодня фамилия Годенюк распространена в Украине, особенно в Хмельницкой и Винницкой областях, а также среди украинской диаспоры в Канаде и США.