Фамилия Годеева — женская форма, а её мужской вариант — Годеев. Она образована по простой и распространённой модели: к основе, в данном случае к имени или прозвищу Годей, добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Суффикс указывает на «сына Годея» или «человека из рода Годея». Сама основа Годей — это, скорее всего, сокращённая, обиходная форма одного из крестильных имён. Какое именно имя послужило источником — вопрос, на который нет однозначного ответа, но есть две основные версии.

Первая и самая вероятная версия: Годей — это производное от имени Гавриил. В народной речи имя Гавриил часто сокращали до Гавря, Гаврик, а в некоторых говорах — до Гадей или Годей. Фонетически замена «в» на «д» встречается в диалектах, особенно при быстром произношении. Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование: Годей могло возникнуть от имени Гурий (Гурей). В этом случае фамилия могла бы звучать как Гуреев, но в некоторых местностях «у» переходило в «о», а «р» выпадало, давая форму Годей. Оба варианта — Гавриил и Гурий — имена церковные, древнееврейского происхождения, и фамилия, таким образом, восходит к имени одного из предков.

География фамилии указывает на её преимущественное бытование в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Это не редкая, но и не слишком частая фамилия. Встречается она и у староверов, которые нередко сохраняли старые, «донейкеновские» формы имён. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ев/-ов от сокращённых форм имён разбирается подробно, и Годеев вписывается в этот ряд как типичный пример «патронимической» фамилии.

Интересная деталь: написание фамилии через «е» (Годеев) не оставляет места для путаницы с другой, очень похожей фамилией — Годиев, которая происходит от имени Годий (от греческого «путь»). Встречаются также варианты с ударением на первый слог (Го́деев) и на второй (Годе́ев), что зависит от местной традиции произношения. Таким образом, предки современного носителя фамилии Годеева — это, скорее всего, потомки человека по имени Гавриил, которого в быту звали коротко и по-свойски — Годей.