Фамилия Годухин — одна из тех русских фамилий, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается пространство для догадок и споров. Её основа — прозвище Годуха, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Годухин», то есть сын или потомок Годухи. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге.

Что же значило само прозвище Годуха? Тут возможны два основных толкования, и оба по-своему убедительны. Первое лежит на поверхности: в просторечии годовалого ребёнка называли «годовик», «годовасик», а в некоторых говорах — и «годуха». Прозвище могли дать младшему в семье, позднему или единственному выжившему ребёнку, которого берегли и выделяли. Второе объяснение отсылает к глаголу «годить» — медлить, выжидать, откладывать. В этом случае Годухой окрестили человека неторопливого, нерасторопного, того, про кого в деревне говорили: «Он всё годит да годит».

Однозначно выбрать одну версию трудно, но лингвистически обе равноправны. Интересно, что фамилия Годухин встречается реже, чем можно было бы ожидать от такой прозрачной основы. Она не попала в число массовых, а осталась локальной — её носители чаще всего встречаются в старых переписях Вологодской, Костромской и Ярославской губерний. Это косвенно подтверждает и географию суффикса -ин, и народный характер прозвища: в среде крестьян и ремесленников такие «домашние» имена давали по приметной черте или обстоятельству рождения.

В ономастических словарях фамилия Годухин не получила пространного разбора, но её родственники — Годунов, Годовиков, Годин — известны лучше. Годухин стоит в том же ряду, но сохранил более архаичную, разговорную форму прозвища. Это фамилия-напоминание о том, как в русской деревне могли назвать человека не по занятию и не по отцу, а по возрасту или характеру — ёмко и без обиняков.