Фамилия Годухин образована от прозвища Годуха. Так в просторечии называли годовалого ребенка. Не исключено, что в основе данного прозвища лежит глагол «годить», т.е. В таком случае Годухой могли называть медлительного, нерасторопного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Годуха, со временем получил фамилию Годухин.