Фамилия Годжоян — типичный пример армянской патронимической модели, где суффикс -ян (в старой орфографии -янц) указывает на происхождение: буквально «из рода» или «потомок». Словообразовательная схема проста и прозрачна: к основе, которой чаще всего служит личное имя, прозвище или профессия, приращивается этот родовой суффикс. В случае с Годжоян основой почти наверняка является имя Годжа или Годж.

Само имя Годжа, в свою очередь, имеет тюркское происхождение. Это вариант слова «ходжа» (хозяин, господин, наставник), которое через турецкое и азербайджанское влияние вошло в армянскую антропонимику. В армянской среде это имя могло даваться либо как уважительное прозвище — человеку грамотному, уважаемому, возможно, духовному лицу или купцу, — либо как прямое заимствование из турецкого «hoca» (учитель, мулла). Встречается и более редкая версия, что Годж — это искажённое армянское имя, но тюркский след здесь выглядит убедительнее, поскольку в Закавказье, особенно в районах, граничащих с Турцией и Азербайджаном, такие взаимопроникновения имён были массовыми.

Географически фамилия Годжоян распространена среди армян, чьи корни ведут из Западной Армении (исторические области Васпуракан, Сасун) или из регионов, где армянское население веками соседствовало с тюркоязычными народами. Многие носители фамилии после геноцида 1915 года оказались в диаспоре — в Армении, России, Ливане, Сирии, США. В современной Армении фамилия встречается, но не входит в число самых частотных, что указывает на её локальное происхождение из конкретного села или рода.

Если сравнивать с однокоренными, то в армянской ономастике есть фамилии Ходжаян, Ходжоян и Годжаян — все они восходят к тому же корню, но с разной степенью фонетической адаптации. Годжоян отличается более «оглушённым» начальным звуком, что типично для говоров, где звонкие согласные переходят в глухие под влиянием соседних языков. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, которого в его общине называли уважительно «господином» или «учителем», а его дети и внуки закрепили это прозвище как родовое имя.