Фамилия Гогбун — редкий случай в русском ономастиконе, где прозвище явно перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы. В ней нет ни -ов, ни -ин, ни -ский. Это так называемая «окаменевшая» форма прозвища, застывшая в именительном падеже. Такие фамилии встречаются в основном на юге России, в Белоруссии и на Украине, где была сильна традиция не русифицировать прозвища добавлением суффикса принадлежности.

Основа фамилии — глагол «гоготать» (громко, раскатисто смеяться, кричать по-гусиному) или существительное «гогот» (хохот, крик). Человек с прозвищем Гогбун, скорее всего, был шумным, весельчаком, обладателем громкого голоса. Вторая часть «-бун» может быть диалектным усилением или искажением: в некоторых говорах «бунить» значит гудеть, мычать, издавать низкий звук. Таким образом, Гогбун — «громкий крикун» или «хохотун», причём прозвище звучало почти как звукоподражание.

Версия о тюркском или ином иноязычном корне маловероятна. Фамилия не встречается в списках дворянских родов и в дореволюционных адрес-календарях, что указывает на её крестьянское или казачье происхождение. Географически она могла закрепиться в южнорусских областях, где любили ёмкие, «говорящие» прозвища без суффиксов — вроде Гром, Шум, Гоголь.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гоголев, Гоготин) показывает, что Гогбун — более архаичная и прямая форма. Носитель такой фамилии мог быть первым в роду, кто получил уличное прозвище за свой характер, и оно так и осталось в документах без изменений. Сегодня это редкий маркер живой народной традиции имянаречения, почти не тронутой бюрократической унификацией.