Фамилия Гогения — почти наверняка грузинского происхождения, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ия (в грузинском оригинале -ია) — один из самых распространённых фамильных формантов в Западной Грузии, особенно в регионах Гурия, Имеретия и Самегрело. Он указывает на принадлежность к роду или местности, аналогично русскому -ов/-ев. Таким образом, Гогения — это «из рода Гога» или «относящийся к Гогу».

Основа фамилии — имя Гога. В грузинской антропонимике это краткая или ласкательная форма от таких имён, как Георгий (груз. გიორგი — Гиорги, откуда идут варианты Гиги, Гоги, Гога) или Григорий (груз. გრიგოლი — Григоли). Вполне вероятно, что первый носитель фамилии был сыном или потомком человека по имени Гога. Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная: прозвище Гога могло означать «крепкий», «коренастый» или даже быть связанным с глаголом «гого» (бормотать, ворчать), но для фамилии первично имя, а не прозвищная характеристика.

Если сравнивать с другими грузинскими фамилиями, модель Гог-ения — близкая родственница фамилиям Гогия, Гогоберидзе, Гоголадзе. Все они растут из одного корня, но разные суффиксы указывают на разные исторические регионы: -дзе (сын) — Восточная Грузия, -швили (дитя) — центральная, а -ия — Западная. Поэтому география носителей фамилии Гогения — преимущественно западные районы Грузии, хотя после миграций XIX–XX веков её можно встретить и в Тбилиси, и в Абхазии, и в России.

Сословная принадлежность по этой фамилии не определяется однозначно. В Грузии фамилии на -ия носили и князья (например, Эристави), и крестьяне, и духовенство. Конкретный род Гогения мог быть как крестьянским, так и мелкопоместным дворянским — без генеалогического исследования конкретной ветви сказать нельзя. Единственное, что можно утверждать с высокой вероятностью: предки носителя фамилии были грузинами и жили в западной части страны, скорее всего, в Гурии или Имеретии.