Фамилия Гогоия — яркий представитель грузинской ономастики, и её разговор стоит начинать не с корня, а с суффикса. Окончание -ия (в грузинском произношении -иа) — один из самых распространённых фамильных показателей в Западной Грузии, особенно в регионах Гурия, Самегрело и Аджария. Эта модель образования фамилий, наряду с -дзе и -швили, сложилась в основном в XVI–XVII веках. Таким образом, носитель фамилии Гогоия почти наверняка имеет предков из западной части Грузии.

Основа фамилии — «Гого» (Гоге). В грузинском языке слово «гого» означает «девушка» или «юная особа», но в роли личного имени оно нередко выступало как сокращение от сложных имён вроде Гогита или Георгий. Однако в данном случае более правдоподобна не именная, а прозвищная версия. Прозвище Гого мог получить человек с мягким, скромным характером, либо, наоборот, тот, кого в шутку называли «девчонкой» за внешность или поведение. В грузинской традиции такие бытовые прозвища часто становились основой для фамилий, закрепляясь за потомками.

Спорных версий здесь немного. Иногда основу связывают с тюркским словом «кёк» (синий, небесный), но для грузинской фамилии это натяжка — фонетически и исторически такое заимствование маловероятно. Также не стоит путать Гогоия с абхазскими или осетинскими фамилиями на -ия — это разные этнические пласты, хотя внешне окончание совпадает.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым. В Гурии и Мегрелии фамилии на -ия носили как крестьяне, так и князья (например, Дадиани, Чиковани). Гогоия — фамилия не аристократическая, но и не однозначно крестьянская: она встречается среди духовенства, торговцев и ремесленников. В XIX веке, после присоединения Грузии к Российской империи, фамилия фиксировалась в метрических книгах, и её написание стабилизировалось как Гогоия, хотя в грузинском варианте может передаваться как გოგოია.

Сегодня фамилия распространена не только в Грузии, но и в Абхазии, а также в диаспорах — в Турции, Греции и России. Ударение в русском языке обычно ставят на второй слог: Гого́ия.