Фамилия Гогохия — одна из тех, где происхождение читается почти открыто. Её грузинское окончание -ия сразу указывает на регион бытования: такие фамилии особенно распространены в Западной Грузии, в частности в Мегрелии и Гурии. В отличие от более распространённых грузинских формантов -дзе («сын») и -швили («дитя»), суффикс -ия исторически означал принадлежность к роду или знатному дому. Со временем это значение стёрлось, и окончание закрепилось как фамильный показатель.

Основа фамилии — мужское имя Гоги. В грузинском языке оно имеет прозрачную семантику: переводится как «бравый», «храбрый», «молодец». Это уменьшительно-ласкательная или краткая форма от полных имён (например, Георгий или Гоча), но со временем могла закрепиться и как самостоятельное имя. Таким образом, Гогохия — это буквально «из рода храбреца» или «потомок того, кого звали Гоги».

Вероятный путь образования фамилии таков: к личному имени Гоги добавили патронимический суффикс -хия, который встречается в некоторых мегрельских и гурийских фамилиях (ср. Гогихия, Гогоберидзе). Получается двойная модель: имя + суффикс принадлежности. Фонетически форма Гогохия могла возникнуть из более раннего Гогихия в результате ассимиляции гласных — язык стремится к благозвучию.

Точное время появления фамилии установить трудно: массовое закрепление грузинских фамилий происходило в XV–XVII веках, но отдельные роды могли оформиться и раньше. Окончательные выводы о месте и дате возникновения конкретной ветви Гогохия возможны только после анализа метрических книг или ревизских сказок.