Фамилия Гогунские (в исходной форме — Гогунский) относится к числу украинских фамилий, образованных от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Гогун, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «гогун» — так в некоторых славянских говорах называли голосистого петуха. Такие прозвища давали не столько для описания характера человека, сколько с верой в магию имени: родители надеялись, что ребёнок унаследует от петуха бодрость, звонкий голос или способность пробуждать всё вокруг.

Модель образования фамилии — типичная для украинской ономастики: основа Гогун- плюс суффикс -ский. Этот суффикс указывал на принадлежность к роду или местности, но в данном случае он, скорее, оформил прозвище в наследственную фамилию по польско-шляхетскому образцу, популярному на Правобережной Украине. То есть носитель фамилии Гогунский — потомок человека, которого в своё время прозвали Гогуном.

В отличие от многих других фамилий на -ский, которые привязывали к конкретному селу или поместью (например, Зарецкий — «живущий за рекой»), Гогунский не имеет топонимического корня. Это делает её более редкой: она образована напрямую от прозвища, а не от названия места. Сравните с однокоренными фамилиями Гоголев (от птицы гоголь) или Гогонин — все они вышли из мира птичьих прозвищ, но каждая по-своему.

Точное время и место возникновения фамилии Гогунский установить трудно. Процесс закрепления прозвищ в качестве фамилий на украинских землях шёл с XVI по XIX век, и такие «прозвищные» фамилии часто оставались локальными, не распространяясь широко за пределы одного региона. В любом случае, фамилия Гогунские — живой след народной культуры, где меткое слово становилось именем рода.