Фамилия Гогунский — одна из тех, что образована от прозвища, а не от церковного имени. В её основе лежит прозвище Гогун. В диалектах русского языка «гогун» — это голосистый петух, который громко и звонко поёт. Скорее всего, прозвище дали человеку с громким голосом или крикливому, задиристому — по аналогии с петушиным нравом.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе Гогун- добавили суффикс -ский, который изначально указывал на принадлежность к местности или роду. В данном случае суффикс мог означать «из рода Гогуна» или «принадлежащий Гогуну». Форма на -ский чаще встречалась в среде польской шляхты и украинской старшины, а позже закрепилась у духовенства. Это может говорить о том, что носитель фамилии был либо выходцем из этих сословий, либо его предки получили фамилию по названию села или хутора, где жил человек по прозвищу Гогун.

Есть и другая, менее вероятная версия: что «гогун» — не птица, а производное от «гоготать» (издавать громкие, отрывистые звуки). Но в любом случае прозвище звукоподражательное, связанное с голосом. В народной традиции давать ребёнку прозвище по животному или птице было способом «обмануть» нечистую силу: считалось, что если назвать младенца Гогуном, природа примет его за своего и наделит здоровьем и силой петуха. Со временем прозвище закрепилось как родовое имя и перешло в официальные документы, вытеснив прежнее крестильное имя.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине. Известных исторических носителей не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, не попавших в родословные книги дворянства.