Фамилия Гогуновы — а точнее, её мужская форма Гогунов — образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Гогуна). Основа здесь — слово «гогун». В диалектах, главным образом в южнорусских и украинских говорах, так называли громко кричащего петуха. Человек с таким прозвищем, скорее всего, обладал звонким, сильным голосом — либо потому, что любил покричать, либо, напротив, был запевалой, глашатаем, тем, кто подавал команды.

Но есть и вторая версия, не менее интересная. В древней славянской традиции имя Гогун могло быть мирским, то есть нецерковным, и давалось не за внешний признак, а с охранительной целью. Крик петуха в народных верованиях считался средством от нечистой силы: он разгоняет ночные страхи и знаменует рассвет. Назвав ребёнка Гогуном, родители как бы призывали эту защитную, светлую силу. Такие имена-обереги были широко распространены у славян до XVII века, и фамилия вполне могла закрепиться от одного из них.

Версия с прозвищем всё же выглядит правдоподобнее: мирские имена чаще образовывались от названий птиц (Сокол, Воробей, Гусь), а «гогун» — слово диалектное, более узкое. Вряд ли его использовали как личное имя массово, а вот как меткое прозвище — вполне.

Фамилия Гогунов встречается в разных регионах, но заметный след оставила на Дону и в станицах Кубани. Там, где говор был особенно звонким и где ценили голосистых людей — казаков-запевал, — прозвище Гогун могло прижиться особенно прочно. Встречаются Гогуновы и на севере, в Архангельской области, что говорит о самостоятельном, независимом возникновении фамилии в разных местах.

Интересно, что фамилия эта — не массовая, а редкая. Она не попала в число распространённых дворянских или купеческих родов, а осталась в крестьянской и казачьей среде. Однозначно сказать, когда именно появился первый Гогунов, без архивных разысканий нельзя: процесс формирования фамилий в разных семьях шёл в разное время, где-то в XVI веке, а где-то и в XIX.