Фамилия Гогунская — женская форма фамилии Гогунский, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища Гогун. В основе лежит диалектное слово «гогун»: в некоторых областях России так называли голосистого петуха. Прозвище давали не столько за внешнее сходство, сколько по древней славянской традиции — перенести на ребёнка качества животного-покровителя. Родители надеялись, что вместе с именем-оберегом к сыну перейдут звонкий голос, бойкость и жизненная сила, которыми славится петух.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе Гогун- добавился суффикс -ск-, указывающий на принадлежность роду или местности. Окончание -ая (Гогунская) — грамматический признак женского рода. В русской ономастике суффикс -ск- чаще всего связывали с географическими названиями или с прозвищами, которые закрепились за целым родом, а не за одним человеком. Это значит, что прозвище Гогун со временем стало наследственным именем, полностью вытеснив крестильное, и уже от него пошла фамилия Гогунские.

Со временем прозвище Гогун, изначально присоединённое к личному имени, заменило его и в быту, и в официальных бумагах. Так фамилия Гогунская закрепилась за потомками того самого «голосистого» предка.