Фамилия Гогунов образована от прозвища Гогун, которое, скорее всего, восходит к аналогичному диалектному слову. Так в некоторых областях называли громко кричащего петуха. Вполне вероятно, что прозвище Гогун получил обладатель звонкого голоса. Не исключено также, что фамилия Гогунов ведет свое начало от мирского имени Гогун, которое, предположительно, имело символическое значение. Согласно славянским верованиям, крик петуха обладает способностью отгонять нечистую силу. Так и прозвище Гогун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Гогунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гогун, со временем получил фамилию Гогунов.