Фамилия Гогуниев — редкий пример, когда основа слова не даёт однозначного ответа, а суффикс подсказывает географию. В ней два возможных корня, и оба ведут в разные стороны.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. Но основа «Гогуни» не встречается в святцах. Самая вероятная версия: фамилия образована от грузинского имени или прозвища Гогуна (или Гогуни). В грузинском языке «гогуна» — ласковое обращение к ребёнку, «малыш», «крошка». Такое прозвище мог получить младший в семье или невысокий человек. Русский суффикс -ев «приклеился» к грузинской основе при адаптации фамилии в документах: Гогуна → Гогуниев (с вставным -и- для благозвучия).

Вторая, менее правдоподобная версия — от осетинского имени Гог (или Гогу) с добавлением суффикса -ни. В осетинском «гог» означает «кукушка» или «глухой звук», но это скорее случайное созвучие. Словарь осетинских фамилий не фиксирует форму «Гогуни», что снижает её вероятность.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Закавказью. Встречается у осетин, грузин и русских, живших в смешанных регионах (Ставрополье, Кабардино-Балкария). В дореволюционных списках фамилия не отмечена среди дворянства или купечества — скорее всего, это фамилия крестьянской или казачьей среды, где прозвище закреплялось за целым родом.

Интересная деталь: в некоторых записях XIX века фамилия писалась как «Гогунев» (без -и-), что подтверждает её происхождение от «Гогуна». Форма «Гогуниев» — более поздняя, книжная, возникшая при унификации документов. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать корни в горных селениях Осетии или в грузинских княжествах, где русские чиновники записывали местные имена на слух.