Фамилия Гогунокова — женская форма фамилии Гогуноков, и её происхождение стоит искать не в громких исторических событиях, а в тихом быту русской деревни. Основа фамилии — прозвище Гогунок, которое, скорее всего, образовано от глагола «гоготать» (или его диалектного варианта «гогунеть»). В разных говорах это слово означало «громко смеяться», «хохотать», «издавать резкие звуки» (например, о гусях: «гоготать»). Таким образом, Гогунком могли прозвать человека весёлого, шумного, любителя посмеяться или же, наоборот, того, кто говорил громко и невнятно, похоже на гогот.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к прозвищу на -ок (Гогунок) добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Гогунка». Окончание -а в женском варианте — стандартное грамматическое изменение. Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с названием птицы — «гоголь» (вид утки). В этом случае Гогунок могло быть уменьшительной или шутливой формой прозвища Гоголь, данного за внешнее сходство или повадки.

География фамилии подсказывает, что её корни — в южнорусских и украинских землях. Фамилии на -ок, -ук, -енко особенно характерны для этих регионов. Встречается Гогуноков и на Дону, и в бывших казачьих областях, что косвенно подтверждает связь с прозвищем, а не с книжным или церковным именем. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, осталась редкой, локальной, что говорит о её позднем закреплении (вероятно, не раньше XVIII века) и о том, что родоначальник был, скорее всего, крестьянином или однодворцем, а не дворянином.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Гогунокова несёт в себе отпечаток личной характеристики предка. В прозвище Гогунок слышится не злая насмешка, а скорее добродушное подтрунивание над чьей-то шумной манерой поведения. Современным носителям фамилии стоит помнить: их предок был человеком заметным, не из тихоней, и, судя по корню, живым и компанейским.