Фамилия Гоканова — женская форма, а мужская — Гоканов. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Гокан. Словообразовательная модель проста: к корню Гокан- добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Гоканов). Значит, предок носительницы фамилии был человеком по прозвищу Гокан.

Корень «Гок-» — один из самых спорных в ономастике. Самая вероятная версия связывает его с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «гок» или «кок» означает «небо», «синий», «голубой». В таком случае Гокан могло быть прозвищем человека со светлыми глазами или, реже, именем-пожеланием, связанным с небом (например, «небесный»). В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Гокановы встречается в регионах с сильным тюркским влиянием — в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири.

Менее убедительна гипотеза о славянском происхождении от глагола «гокать» (кричать, аукать). Этот диалектный глагол фиксируется в некоторых русских говорах, но как основа для прозвища он редок и не даёт такого количества однокоренных фамилий, как тюркский вариант. Поэтому тюркская версия выглядит предпочтительнее.

Интересная особенность фамилии — её относительная редкость. В отличие от массовых Гавриловых или Ивановых, Гокановы не столь распространены. Это может говорить о том, что фамилия возникла в сравнительно узком кругу, возможно, в одной или нескольких смежных местностях, и не получила широкого расселения. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской — дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

Таким образом, фамилия Гоканова, скорее всего, ведёт начало от тюркского прозвища, данного предку за цвет глаз или в качестве имени-оберега, и закрепилась в русской среде через патронимический суффикс.