Фамилия Гохалтер — редкая в России, и её происхождение почти наверняка не славянское. Скорее всего, перед нами вариант немецкой или еврейской фамилии, записанной на слух. Основа здесь — немецкое «Halter» (держатель, хозяин, содержатель) в сочетании с первой частью «Goh-», которая может быть искажением «Gau» (округ, область) или диалектным вариантом «Gott» (Бог). Таким образом, исходное значение могло быть «держатель округа» (управляющий, чиновник) или «божий человек» (благочестивый, или же тот, кто содержит что-то «божье» — например, церковную утварь).

Вторая, более бытовая версия, связывает фамилию с профессией. «Halter» в южнонемецких диалектах также означало «конюх» или «пастух», а «Goh» могло быть сокращением от «Gohma» (луг, выпас). Тогда Гохалтер — это пастух на общинном лугу. Эта гипотеза правдоподобнее: фамилии от ремесла и места работы у немцев встречаются чаще, чем от абстрактных понятий.

В России фамилия могла появиться с переселенцами-меннонитами или немецкими колонистами, которых приглашала Екатерина II. При записи в метрические книги немецкое «Gohalter» русские писцы могли записать как «Гохалтер» (с характерным «х» вместо придыхательного «h»). Фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин), что и выдаёт её иностранное происхождение — она застыла в форме, близкой к оригинальному прозвищу.

Спорным остаётся ударение. Если фамилия немецкая, логично ударение на первый слог: Го́халтер. Если же её носители давно обрусели, ударение могло сместиться на второй или третий слог по аналогии с русскими фамилиями на -ер (например, Шо́фер — шофё́р). Точный ответ может дать только семейное предание или знание того, из какой именно местности (Бавария, Пруссия, Поволжье) происходят предки.