Фамилия Голобочанский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Если смотреть только на корень, он кричит: «голобочий» или «голобока» — человек с голым боком, то есть либо бедняк (гол как сокол, бок пуст), либо тот, кто ходил в рваной одежде. Но суффикс «-анский» (а не «-ов» или «-ин») выдает типичную модель польских и западноукраинских фамилий, образованных от названия места. «Голобочанский» — это, скорее всего, «из Голобочек» или «из Голобочан». Таких сел и хуторов с корнем «голобок» на Волыни и в Галичине хватало, хотя точное название найти трудно — мелкие поселения часто исчезали или меняли имя. Самый известный вариант — село Голобоки (ныне в Волынской области Украины), но там фамилия писалась бы как Голобоцкий или Голобокий. «Голобочанский» могла возникнуть от формы «Голобочка» — уменьшительного названия урочища или выселка.

Суффикс «-ский» в таких фамилиях в XVIII–XIX веках часто присваивали не только шляхте, но и крестьянам, переселенным из одной деревни в другую: помещик или писарь записывал человека по месту выхода. Так что носитель фамилии Голобочанский с большой вероятностью ведет род из небольшого села на западе современной Украины или юго-востоке Польши. Прозвищная версия — «голобокий» — тоже не отпадает, но тогда логичнее было бы ожидать форму Голобоков (русскую) или Голобок (украинскую). А вот с «-анский» это либо вторичное образование от прозвища через топоним, либо сознательная «облагороженная» запись, когда крестьянину добавляли дворянский суффикс, чтобы фамилия звучала солиднее.

В написании путаницы почти нет: фамилия последовательно пишется через «а» после «ч» — Голобочанский, а не Голобочинский. Ударение, судя по аналогиям (Голобоцкий, Голощапский), падает на третий слог: Голобоча́нский. Спорных версий две, и топонимическая выглядит весомее, потому что объясняет и суффикс, и редкость фамилии — она привязана к конкретному, возможно, уже не существующему месту.