Фамилия Головицын образована от прозвища или неканонического имени Головица (или Головиц). Основа здесь — «голова», но не в прямом анатомическом смысле, а в переносном: «голова» как ум, глава, предводитель, либо как человек с крупной или заметной головой. Суффикс -иц- в основе указывает на уменьшительно-ласкательную или характеризующую форму: Головица — это, скорее всего, «маленькая голова» или, наоборот, прозвище человека с необычной головой, данное с оттенком иронии или ласки. Типичная русская модель: прозвище на -ица (ср. Боровица, Умница) давало основу для фамилии на -ын.

Суффикс -ын указывает на принадлежность: «чей?» — Головицын, то есть сын или потомок Головицы. Эта модель характерна для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин и -ын особенно распространены. В отличие от более частых Головин или Голованов, фамилия Головицын встречается реже и сохраняет архаичную форму прозвища.

Спорных версий немного. Иногда фамилию связывают с географическим названием — например, село Головицы или Головицино. Такие топонимы действительно существуют, но они, скорее всего, вторичны и сами произошли от той же личной основы. Прямой связи с ремеслом (например, с кожевенным или шапочным делом) нет: «головица» не была профессиональным термином.

Социальный контекст: фамилия могла возникнуть в крестьянской или посадской среде, где прозвища по внешности или уму были обычным делом. Дворянских родов Головицыных в исторических источниках не прослеживается — это «простая» русская фамилия, что делает её типичным примером народной ономастики. В современных адресных справочниках Головицыны встречаются рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о давнем, но не массовом распространении.