Фамилия Головицин — редкий случай, когда суффикс подсказывает больше, чем корень. В ней отчетливо видна модель образования, почти не встречающаяся в стандартных дворянских или крестьянских фамилиях: не Головин (с типичным -ин) и не Головицкий (с польским или украинским -цкий), а именно Головицин.

Корень, разумеется, — «голов-». Но если бы фамилия произошла напрямую от прозвища Голова (человек с большой головой или умный), мы бы имели Головин. Формант -ицин указывает на притяжательное прилагательное от женского имени или прозвища на -ица. Иными словами, предка звали не Голова, а Головица. Что могло означать такое прозвище? Скорее всего, так называли женщину — жену или вдову человека по прозвищу Голова. В русской традиции XVI–XVII веков жену нередко именовали по мужу: «Головиха» или «Головица». Дети такой женщины получали отчество от материнского прозвища — «Головицын сын», что со временем закрепилось как Головицин.

Есть и вторая, менее вероятная, но возможная версия: прозвище Головица могло относиться к мужчине — например, к тому, кто делал или продавал головные уборы (от слова «головица» в значении «шапка» в некоторых говорах). Но в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Головицын (с твердым -ы-), что встречается чаще.

Фамилия Головицин — кабинетная, книжная по своему происхождению. Она почти не фиксируется в старых переписных книгах центральных уездов, зато встречается в среде духовенства и мелких приказных людей XVII–XVIII веков. Семинаристы и церковнослужители, получая фамилии, часто брали за основу не мирское прозвище, а форму, искусственно образованную от уже существующей фамилии или имени. Так Головицин мог появиться из Головина путем замены суффикса — для благозвучия или чтобы отличить одну ветвь рода от другой. Географически носители фамилии рассеяны, но чаще встречаются в бывших Владимирской и Костромской губерниях, где были сильны традиции церковных фамилий.