Фамилия Голойваты на первый взгляд кажется странной или даже шуточной, но за ней стоит прозрачная и очень конкретная история. В её основе лежит украинское или южнорусское прозвище, которое давали человеку с характерной внешностью или манерой поведения. Слово «голый» в сочетании с «ваты» (от «валять», «валяться») могло означать «голый валяка» — того, кто ходит в рваной, худой одежде, из которой торчит вата, или, в переносном смысле, бедняка, чьё добро «голое», как вытертая вата.

Модель образования фамилии — суффикс -ат(ы), который в восточнославянских фамилиях встречается нечасто, но указывает на коллективную принадлежность. Обычно такие фамилии на -атый, -итый (вроде Бородатый, Горбатый) закреплялись за одним человеком, а форма множественного числа на -ы (Голойваты) характерна для украинской традиции: так называли всю семью или род. То есть изначально это было не имя, а прозвище главы дома — Голойватый, а его потомки стали Голойватыми.

Версия, что фамилия связана с профессией валяльщика шерсти (валяльщика валенок), маловероятна: для этого использовалось бы слово «валяльщик» или «валяка», а не игра с «голым». Скорее прозвище носило ироничный, бытовой характер. В среде украинского казачества и крестьянства такие «говорящие» фамилии были нормой — они фиксировали внешний недостаток, привычку или имущественное положение без прикрас.

Географически фамилия тяготеет к западу и центру Украины, а также к пограничным областям России (Курская, Воронежская, Белгородская), где украинское влияние было сильным. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её локальном происхождении: вероятно, один род дал начало всем носителям.

Словообразовательно фамилия уникальна тем, что сохранила архаичную форму множественного числа, которая в русской традиции почти исчезла. Если бы фамилия русифицировалась, она звучала бы как Голойватов. Но форма Голойваты осталась живым свидетельством того, что предки говорили на диалекте, где «голый» и «вата» складывались в меткую характеристику человека — бедного, неряшливого или просто с ироничным прозвищем, которое пережило столетия.