Фамилия Голожина — женская форма, мужская — Голожин. В основе лежит прозвище Голожа, которое в русских говорах могло означать человека тощего, худого, «голого» в переносном смысле — бедного, не имеющего имущества. Корень «гол-» здесь тот же, что в словах «голь», «голытьба», «голый». Суффикс -ож- в прозвище встречается нечасто: он мог придавать оттенок неполноты признака или просто служить словообразовательным элементом, как в словах «художа» (худой человек) или «босожа» (босой).

По другой версии, прозвище Голожа могло относиться к человеку, который ходил в обносках, в «голой» одежде, то есть без верхней одежды или в рванье. В любом случае, прозвище носило социально-бытовой характер и давалось по внешнему виду или имущественному положению.

Фамилия Голожин/Голожина образована по стандартной восточнославянской модели: к основе прозвища добавили притяжательный суффикс -ин, который означает «чей?» — «сын (или потомок) Голожа». Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где -ин был основным фамильным суффиксом.

Встречается эта фамилия нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного конкретного прозвища в небольшой местности. Сравнение с однокоренными фамилиями: Голый, Голиков, Голышев, Голенков. От них Голожин отличается именно редким суффиксом -ож-, который сразу выделяет фамилию из ряда «голых» прозвищ.