Фамилия Гомбожабон — один из тех редких случаев, когда о происхождении можно говорить с высокой долей уверенности, не прибегая к догадкам. Это не русская, не славянская и даже не привычная тюркская фамилия. Её корни — в монгольском и тибетском мирах, и она почти наверняка указывает на бурятское, калмыцкое или монгольское происхождение предка.

Основа фамилии — имя Гомбожаб. Оно составное: первая часть «Гомбо» восходит к тибетскому «mgon-po» (защитник, покровитель) — так буддисты называют одно из божеств-защитников. Вторая часть «жаб» (тиб. skyabs) переводится как «прибежище», «защита», «спасение». Вместе имя означает «Защитник, дающий прибежище» или «Покровитель-спаситель». Это типичное для буддийского региона теофорное имя, которое давали в монашеской среде или в семьях, глубоко верующих в ламаизм.

Суффикс «-он» в данном случае — не русский падежный показатель, а скорее монгольский или бурятский суффикс, указывающий на принадлежность к роду или происхождение от человека с таким именем. В бурятском языке фамилии часто образовывались от имён предков, и окончание «-он» (или «-ов» в русифицированной записи) закрепляло эту связь. То есть Гомбожабон — это буквально «из рода Гомбожаба», «потомок того, кого звали Гомбожаб».

Встречается фамилия почти исключительно среди бурят (особенно в Забайкалье и Бурятии), реже — у калмыков. В русских переписях и документах XIX — начала XX века её могли записывать по-разному: Гомбожабов, Гомбожабонов, Гомбожабон. Вариант без конечного «-ов» — Гомбожабон — скорее всего, результат упрощения при переходе из устной бурятской традиции в письменную русскую, где фамилии часто «обрезали» до узнаваемой основы.

Сословно предки-носители этой фамилии, скорее всего, были либо ламами (священнослужителями), либо скотоводами-кочевниками, принявшими буддизм. Имя Гомбожаб не было крестьянским или простонародным в русском понимании — оно несло религиозный оттенок. Поэтому фамилия указывает на довольно высокий культурный и духовный статус рода в традиционном бурятском обществе.