Фамилия Гомбоев образована от бурятского мужского имени Гомбо, которое имеет тибетские корни и на русский язык переводится как «покровитель, защитник, хранитель веры». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать достойным верующим. Таким образом, человек, предка которого звали Гомбо, со временем получил фамилию Гомбоев. Так, в Книге памяти Читинской области записан бурят Гомбоев Базар-Жап, который родился в 1894 году (Урдо-Агинский булук Читинского уезда Забайкальской области). А в Книге памяти Бурятии упоминается Гомбоев Данзан Цыбенович, рожденный в 1864 году (Кяхтинский р-н, с. Среди известных обладателей этой фамилии – Галсан Гомбоев (1822—1863), российский ученый, востоковед (монголист), этнограф, собиратель фольклора.