Фамилия Гомбоева образована от бурятского мужского имени Гомбо, которое имеет тибетские корни и в переводе означает «покровитель, защитник, хранитель веры». Таким образом, человек, предка которого звали Гомбо, со временем получил фамилию Гомбоев. Сведения о представителях фамилии Гомбоевы содержатся в различных архивных документах. Так, в Книге памяти Читинской области записан бурят Гомбоев Базар-Жап, который родился в 1894 году (Урдо-Агинский булук Читинского уезда Забайкальской области). А в Книге памяти Бурятии упоминается Гомбоев Данзан Цыбенович, рожденный в 1864 году (Кяхтинский р-н, с. Среди известных обладателей этой фамилии – Галсан Гомбоев (1822—1863), российский ученый, востоковед (монголист), этнограф, собиратель фольклора.