Фамилия Гондос встречается преимущественно на Украине, и её происхождение, скорее всего, связано с венгерским влиянием. Вероятно, в основе фамилии лежит имя Гонда — краткая венгерская форма имени Конрад. Само имя Конрад имеет древнегерманские корни и складывается из двух частей: kvon («отважный, смелый, храбрый») и rad («намерение, желание, цель»). Это имя носил знаменитый епископ из Швейцарии в X веке, а также несколько германских королей.

Компонент «-ос» в фамилии Гондос — это изменённый украинский уменьшительный суффикс «-ус». Таким образом, основатель рода мог быть выходцем из Венгрии, который переехал на украинские земли, а его потомки закрепили за собой фамилию, адаптированную местным языком.

Есть и другая версия, объясняющая происхождение фамилии напрямую от прозвища. Оно могло возникнуть от старопольского глагола gǫdzić — «играть на музыкальном инструменте». В этом случае основатель рода Гондос был музыкантом. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — с венгерским именем — выглядит более убедительной, поскольку связывает фамилию с конкретным личным именем, а не с редким диалектным глаголом.