Фамилия Гондюк — компактная и звучная, характерная для украинской и южнорусской ономастики. Её ядро — суффикс -юк, который в этих краях был главным «фамильным строителем». В отличие от великорусского -ов/-ев, украинский -ук/-юк (а также -чук/-нюк) образовывал фамилии от имён, прозвищ и профессий, указывая на «сына» или «потомка»: Петренко — сын Петра, Гондюк — сын или человек Гонды.

Основа Гонд- — это не имя из святцев, а скорее всего прозвище. Самое прямое объяснение лежит в диалектных глаголах «гондать» (качать, шатать, болтать) или «гондобить» (делать кое-как, громоздить). В говорах западных и южных областей «гонда» — нерасторопный, неуклюжий человек, либо тот, кто ходит вразвалку. Прозвище давали по заметной походке или манере поведения — незлобивое, бытовое, без обидного оттенка.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским корнем. В тюркских языках «гонду» или «конду» могло означать «оседлал», «сел», и такое прозвище могло пристать к конному воину или наезднику. Но для украинской модели с -юк эта этимология выглядит натянутой: если бы предок был тюрком, фамилия скорее сохранила бы окончание -ов или -ев, как у Гондуров.

С географией ясно: фамилия плотно сидит на западе Украины — в Тернопольской, Хмельницкой, Ровенской областях. Встречается и в соседних районах Беларуси, но там её могли «переделать» на свой лад (Гондук, Гондюк). В России фамилия редкая, заносилась переселенцами в XX веке.

Социальный состав предков — крестьянство и казачество. Суффикс -юк в малороссийской среде был демократичным: его носили и реестровые казаки, и посполитые селяне. Никакой элитарности, только указание на родство. Фамилия Гондюк не документирована в дворянских родословных книгах, что подтверждает её простонародное происхождение.

Ударение традиционно падает на последний слог — Гондю́к, хотя в русской среде иногда смещают на первый. Это нормально: язык адаптирует чужую модель под свою инерцию.