Фамилия Гондюхин образована по модели, типичной для восточных, западных и южных славян: от личного прозвища или имени (христианского или языческого) с помощью суффикса принадлежности. Здесь работает суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность к предку: «чей?» — Гондюхин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Гондюха.

Ключ к значению — основа Гондюх-. Она восходит к древнерусскому слову «гондюка» или «гондюха». В диалектах русского языка так называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. В словаре Даля «гондюха» — «нескладный, мешковатый человек». Прозвище давали не в обиду, а как меткую бытовую характеристику: в деревнях такие прозвища закреплялись за людьми с медлительной походкой или неловкими движениями.

Интересно, что фамилия Гондюхин встречается преимущественно в центральных и северных регионах России — в старых переписях Вологодской, Костромской и Вятской губерний. Там же фиксируются однокоренные фамилии: Гондюков, Гондюшев, Гондырев. Все они построены от одного корня, но с разными суффиксами, что говорит о живой народной словообразовательной традиции.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от имени Гондюха как производной формы крестильного имени Кондратий. В народной речи имя Кондратий сокращали до Кондюха, а затем, под влиянием местного говора, начальный «к» мог перейти в «г» (явление, известное в северных говорах как «гэканье»). Однако более надёжной остаётся версия от диалектного прозвища — она объясняет и суффикс, и географию бытования фамилии.

Таким образом, предок носителей фамилии Гондюхин получил прозвище за свою медлительность или неуклюжесть — и это прозвище, пройдя через века, стало родовым именем. В этом нет ничего уничижительного: многие русские фамилии (например, Несмеянов, Молчанов, Широков) родились из бытовых характеристик, которые в крестьянском быту были точными и беззлобными.