Фамилия Гондю — один из тех редких случаев, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Скорее всего, перед нами фамилия молдавского или румынского происхождения. В Молдове и на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области) встречается фамилия Гондю (Gondu), а также её варианты Гонду, Гондуля. Ударение в русском языке обычно падает на последний слог — Гондю́.

В румынском языке слово «gond» имеет несколько значений, но наиболее вероятное для формирования фамилии — «копьё» или «дротик». Соответственно, прозвище Гондю мог получить человек, имевший отношение к оружию: воин, охотник или, что ещё вероятнее, мастер по изготовлению копий. Суффикс «-ю» в румынских фамилиях часто указывает на принадлежность или характерный признак: Гондю — это «копейщик» или «тот, кто с копьём».

Менее популярная версия связывает фамилию с украинским диалектным словом «гондзити» (гнать, понукать). В этом случае прозвище могло относиться к человеку с резким, напористым характером. Однако эта версия слабее, так как типично украинские фамилии с таким корнем обычно имеют суффиксы «-енко» или «-ук» (Гондусенко, Гондуляк), а форма на «-ю» характерна именно для румынского ареала.

В России фамилия Гондю — редкость. Встречается она в основном у потомков переселенцев из Бессарабии или среди семей, чьи предки были этническими молдаванами. Сословная принадлежность носителей фамилии могла быть любой: от вольных крестьян-царан до казаков, но однозначных исторических данных об этом нет.