Фамилия Гондя — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не связан с тем, что приходит в голову современному носителю языка. Её основа — не обсценная лексика, а вполне конкретное древнерусское или диалектное слово.

Скорее всего, в основе лежит глагол «гондить» или существительное «гондя». В северных и сибирских говорах «гондить» означало «гнуть, сгибать, коробить», а также «упрямиться, капризничать». Прозвище Гондя могли дать человеку с непростым, своенравным характером — тому, кто «гнёт свою линию». Вторая версия, менее вероятная, отсылает к слову «гондобить» — «медлить, копаться». Тогда Гондя — прозвище медлительного, нерасторопного человека.

Фамилия образована по редкой модели — без суффикса, путём прямого перехода прозвища в фамилию. Это типично для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -а (Гондя, Вернигора, Непийвода) встречаются часто. В русском языке такие примеры единичны и обычно указывают на западное или южное происхождение рода.

Среди однокоренных фамилий, зафиксированных в исторических документах, можно назвать Гондин, Гондусов, Гондырев. Все они образованы от тех же диалектных корней. Фамилия Гондя — одна из самых редких в этой группе, что делает её своеобразным маркером: носители, скорее всего, происходят из небольшого локального рода, где прозвище закрепилось как фамильное имя.

Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям у этой фамилии нет. В переписях XIX — начала XX века она могла встречаться у крестьян и мещан Черниговской, Полтавской или Курской губерний — в зоне, где смешивались русские и украинские говоры.