Фамилия Гондзя редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит прозвище, образованное от старопольского глагола gǫdzić — «играть на музыкальном инструменте». Если это так, то предок носителя фамилии был музыкантом, возможно, гусляром или скрипачом, который ходил по ярмаркам или играл на праздниках. Модель образования простая: прозвище Гондзя (Гондзя) закрепилось в качестве фамилии без дополнительных суффиксов, что характерно для украинских, белорусских и польских фамилий на -я.

Есть и вторая версия, которая выводит фамилию из другого корня. Согласно ей, Гондзя — это вариант фамилии Гонза, а та, в свою очередь, восходит к чешской форме имени Иван — Гонза (Honza). Имя Иван, означающее с древнееврейского «Бог помиловал» или «Яхве смилостивился», чрезвычайно распространено у славян. В таком случае фамилия означает «сын Гонзы» (то есть Ивана) и относится к группе патронимических фамилий. Эта версия правдоподобна, если учитывать, что имя Гонза в Чехии было настолько популярным, что стало нарицательным для обозначения любого крестьянина или простого парня.

Какой из двух путей вернее — сказать сложно, но обе гипотезы указывают на западные или южные корни фамилии. Первая связывает род с польским влиянием, вторая — с чешским. В русском языке фамилия практически не встречается, что косвенно подтверждает её инославянское происхождение. Не исключено, что в разных ветках одного рода фамилия возникла независимо: в одной семье предок был музыкантом, в другой — просто Иваном.