Фамилия Гонтя — редкий пример, когда прозвище стало основой фамилии практически без изменений, сохранив исходную форму. В большинстве случаев русские фамилии образовывались с помощью суффиксов (-ов, -ин, -ский), но Гонтя — исключение. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть она совпадает с тем самым прозвищем, которое дали предку. Чаще всего такие фамилии встречаются на юге России, в Беларуси и на Украине, где традиция оставлять прозвища без патронимического суффикса была особенно сильна.

Основа фамилии — слово «гонтя». В русских говорах «гонтя» означало «гниль, гнилое дерево, труха». В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «гонтеть» — «гнить, преть, портиться от сырости». Прозвище Гонтя могли дать человеку неопрятному, неряшливому, постоянно ходившему в сырой или грязной одежде. Однако не стоит сразу думать об обидном значении. В старой деревне прозвища часто давали по внешним признакам или особенностям характера, и они не обязательно несли негативный оттенок — скорее, были меткой, отличавшей конкретного человека.

Существует и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах слово «гонтя» могло быть производным от «гонт» — кровельной дощечки, которую кололи (гонтили) из дерева. Тогда прозвище могло указывать на ремесло: предок занимался изготовлением гонта, был кровельщиком или плотником. Эта версия правдоподобнее с точки зрения социальной истории: прозвища по профессии встречаются в крестьянской среде гораздо чаще, чем прозвища по неопрятности, которые быстро забывались. Но окончательного ответа нет — оба корня возможны.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна. Если бы она оформлялась по стандартной модели, мы бы имели Гонтев, Гонтин или Гонтяев. Но народная традиция сохранила форму прозвища в чистом виде. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где официальная запись фамилий была менее строгой — скорее всего, среди крестьян или казаков. В метрических книгах XIX века Гонтя встречается в южных губерниях Российской империи, особенно в Черниговской и Полтавской, что косвенно подтверждает украинские корни.

Фамилия остаётся редкой. В современных справочниках её часто путают с фамилией Гонта, которая имеет ту же основу, но иное происхождение (от украинского «гонта» — «гонт»). Гонтя — более архаичная форма, сохранившая мягкое окончание, которое указывает на уменьшительно-пренебрежительный оттенок в исходном прозвище.