По одной из версий, фамилия Гоня образована от имени Гоня — краткой формы таких имен, как Егор, Игнатий, Игорь (через переходные формы Егоня или Игоня). Согласно другой гипотезе, в основе этой фамилии лежит прозвище Гоня, которое происходит от глагола «гонать». Его значение В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет как «полагать, почитать; гадать; отгадывать или ворожить». Поэтому можно предположить, что Гоней называли либо человека проницательного, догадливого, либо знахаря. Также не исключено, что прозвище восходит к слову «гонять». В таком случае Гоней называли гонца, нарочного, посланного за кем-либо в погоню или отправленного на переменных конях с бумагами, письмами, вестями. В старину такое прозвище нередко давали курьеру, фельдъегерю.