Фамилия Гоняков образована от прозвища или мирского имени Гоняк. В основе лежит глагол «гонять» — в старину так могли назвать непоседливого, подвижного человека, либо того, кто занимался перевозками или гоньбой лошадей. Не исключён и вариант, что прозвище относилось к охотнику или псарю — тому, кто гонял зверя. В любом случае, корень прозрачный и указывает на действие, а не на предмет.

Суффикс -ов — один из самых распространённых в русских фамилиях, он указывает на принадлежность: Гоняков буквально значит «сын Гоняка» или «из рода Гоняков». Такая модель преобладала в центральной России и Поволжье, где фамилии на -ов охватили большинство крестьянского населения после отмены крепостного права.

Географически фамилия встречается в основном в южных и центральных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и однодворцев с таким прозвищем — например, в писцовых книгах встречается имя Гоняк как некалендарное, то есть данное по характеру или занятию.

Родственные фамилии — Гоняев, Гонягин, Гонячкин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. У Гонякова суффикс -ов самый стандартный, поэтому фамилия не несёт сословных или региональных особенностей: её мог получить и крестьянин, и мещанин, и служилый человек. Споров по этимологии нет — все версии сходятся к «гонять» без экзотических альтернатив.