Фамилия Гонякина — женская форма фамилии Гонякин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Гоняка. В русской ономастике суффикс -ин (-ын) указывает на принадлежность: Гонякин буквально значит «сын Гоняки» или «человек из рода Гоняки». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где патронимические фамилии на -ин распространены шире, чем на юге.

Что означало слово «гоняка»? В говорах так могли назвать человека по действию. Глагол «гонять» имел много оттенков: «быстро ездить», «торопить», «посылать с поручениями», а в некоторых диалектах — «пасти скот» или «заниматься извозом». Гонякой могли прозвать ямщика, гуртовщика, перегонявшего скот, или просто непоседливого, суетливого человека. Связь с ямской гоньбой (почтовой службой) — одна из самых вероятных: в XVII–XIX веках в центральных губерниях фамилии, образованные от названий ямщиков и возчиков, встречались часто.

Менее вероятна, но возможна связь с уменьшительной формой имени Агафон или Аггей. В просторечии эти имена могли сокращать до Гоня — по аналогии с тем, как Агафья становилась Ганей. Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Гонин, а Гоняка — более активная, «деятельная» форма, что склоняет к версии о прозвище по занятию.

Фамилия редкая. В современных базах данных она встречается точечно — в основном в Поволжье и на Урале. Это может говорить о том, что предки Гонякиных были не дворянами, а крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию уже после отмены крепостного права в 1861 году, когда прозвища переоформляли в официальные фамилии. Сословные перегородки в таких случаях невысоки: Гонякины — скорее всего, потомки государственных крестьян или ямщиков, а не родовой знати.