Фамилия Гонян — одна из тех, что ставят перед исследователем сразу несколько загадок, и главная из них: откуда она родом? По звучанию она может показаться армянской (типичный суффикс -ян), но её носители в России встречаются не только на Кавказе, но и на юге страны, в частности среди кубанских казаков и жителей Ростовской области. Поэтому первая версия — армянское происхождение. В армянском языке фамилии на -ян (или -янц) образуются от личных имён, прозвищ или названий профессий. Основой здесь могло стать имя Го́н (редкое, возможно, сокращённое от Геворк) или прозвище, связанное с глаголом «гон» — «преследование, погоня». В таком случае Гонян — потомок того, кого прозвали Гоном, или же сын человека по имени Гон.

Однако есть и другая, не менее убедительная версия — славянская. На юге России, особенно в казачьей среде, фамилия Гонян могла возникнуть как вариант фамилии Гоняев или Гоня. В этом случае в основе лежит прозвище Гоня — от глагола «гонять» (например, гонять скот, гонять почтовых лошадей, а то и просто «гоняться» за кем-то). Суффикс -ян в русских фамилиях встречается редко, но он характерен для украинского и южнорусского диалектного словообразования. Сравните: Гончар — Гончаренко, а Гоня — Гонян. То есть фамилия могла означать «сын Гони» или «человек из семьи Гони», где Гоня — прозвище погонщика, гонца или просто непоседливого человека.

Спор между армянской и славянской версиями решается просто: если носители фамилии — армяне по происхождению, то корень, скорее всего, армянский; если же фамилия встречается у русских или украинцев, то это местный южнорусский вариант фамилии Гоняев. В любом случае, словообразовательная модель проста: основа + суффикс принадлежности. Что касается социального контекста, то в XIX веке носители фамилии Гонян не принадлежали к дворянству — это фамилия крестьянская или мещанская, чаще всего из числа государственных крестьян южных губерний. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что только подчёркивает её «народный», бытовой характер.