Фамилия Гондюхина — женская форма фамилии Гондюхин. В основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Гондюха. Слово «гондюха» в русских говорах имеет два основных значения, и оба ведут к одной и той же словообразовательной модели: суффикс -юх(а) указывает на носителя признака или действия с оттенком просторечия, иногда пренебрежения.

Первая и самая вероятная версия: Гондюха — производное от глагола «гондобить» (или «гандобить»). В северных и сибирских говорах это значит «копить, беречь, сколачивать хозяйство», а также «медленно, с трудом делать что-то». Человек, которого прозвали Гондюхой, мог быть либо бережливым хозяином, скопидомом, либо, наоборот, копуном и медлительным работником. Диалектная лексика часто даёт такие полярные оттенки в прозвищах: одно и то же слово могло характеризовать и достоинство, и недостаток в зависимости от интонации соседей.

Вторая версия связывает прозвище с диалектным «гондюха» — «живот, брюхо». В этом случае прозвище дали полному, упитанному человеку. Такие «телесные» прозвища были обычны в крестьянской среде и не несли резко обидного смысла — скорее, служили бытовой приметой.

Фамилия Гондюхина — типично русская, образована по модели притяжательных прилагательных на -ин: Гондюха → сын Гондюхи → Гондюхин. Географически фамилия редкая, встречается в основном на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Зауралье, что косвенно подтверждает связь с северными говорами, где активно бытовал глагол «гондобить». В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Гондюха — фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская по происхождению.

С точки зрения словообразования интересен суффикс -юх-. В русских фамилиях он встречается реже, чем -их(а) или -ох(а), и почти всегда указывает на прозвищное, неканоническое происхождение. Однокоренные фамилии — Гондобин, Гондюков — имеют ту же основу, но разные суффиксы, что говорит о живой народной словообразовательной игре: одного человека в разных деревнях могли называть Гондюха, Гондоба или Гондюк.